Al sinds de 14e eeuw wordt er melding gemaakt van watermolens die tot de goederen van de Heerlijkheid Keppel behoorden. Zowel Kasteel Keppel als de bijbehorende nederzetting lagen op een eilandje dat gevormd wordt door de Oude IJssel en de strang Molenbeek. De strang leverde het water voor de molen. Met de molen wordt sinds jaar en dag koren gemalen.
Kort na 1945 werd de Oude IJssel aanmerkelijk verbeterd ten behoeve van scheepvaart en waterafvoer. Dit ging echter ten koste van de watermolen. Het water stond eenvoudigweg te hoog. Het werd eerst opgevangen door het aanbrengen van een elektromotor.
Maar in 1968 werd het idee uitgewerkt om een tweede molen te installeren zodat het water in de erbij liggende kolk lager zou komen te staan en de productie van deze watermolen weer op gang kon komen met behulp van waterkracht.
Bij de Follega Molen staat hoe deze molen uit Friesland hier terecht is gekomen. Tegelijk met het verplaatsen en heropbouwen van die molen is ook de Watermolen gerestaureerd.